Сонымен қатар, сот билігі туралы заңдарды қолдану тәжірибесінде кейбір кемшіліктер бар. Сот төрелігін жүзеге асырудың негізгі принциптерін бұзу жағдайлары кездеседі. Судьялардың тәуелсіздігін сақтау, соттарды ұйымдық және материалдық-техникалық қамтамасыз ету турасында мемлекеттік биліктің атқарушы тармақтары органдарының қызметтерінде Қазақстан Республикасы Конституциясының нормалары мен соның негізінде қабылданған заңдардан алшақтауға орын берушілік бар. Республика судьялары өздеріне берілген тәуелсіздікпен қамтамасыз етілу өкілеттілігін толық пайдаланбайды, сот қызметіне араласу және сотты құрметтемеу фактілеріне заң бойынша әр кез көңіл бөле бермейді. 

Осыған орай, Қазақстан Республикасы Жоғарғы Сотының Пленумы қаулы етеді: 

1. Сот төрелігін жүзеге асыру жөніндегі өз қызметтерінде Республикада сот билігінің мемлекеттік билік тармағы ретінде басқа заң шығарушы және атқарушы билік тармақтарымен тежемелік әрі тепе-теңдік жүйелері арқылы өзара іс-қимыл жасайтын туралы Конституция ережелеріне жүгінуге тиіс екендіктеріне соттардың назары аударылсын. 

2. Конституцияның 4-бабы 4-тармағының талабына сай, азаматтардың құқықтарына, бостандықтарына және міндеттеріне қатысты жарияланбаған нормативтік құқықтық актілерді қолдануға және өз шешімдерін онымен негіздеуге соттардың құқығы жоқ. Сондықтан сот істі қарау барысында қолдануға жататын нормативтік құқықтық актінің жарияланғаны туралы фактіні тексеруге міндетті. 

Конституцияның 78-бабында көрсетілген талаптарды орындау кезінде бірінші, апелляциялық, кассациялық және қадағалау сатысындағы сот Конституциямен бекітілген адам және азаматтың құқықтары мен бостандықтарына нұқсан келтіретін заң немесе өзге де нормативтік құқықтық актіні конституциялық емес деп тану туралы ұсыныспен Конституциялық Кеңеске іс қараудың кез-келген кезеңінде жүгіне алады. Бұл арада соттар 1995 жылғы 29-желтоқсандағы Қазақстан Республикасы Президентінің "Қазақстан Республикасының Конституциялық Кеңесі туралы" конституциялық заң күші бар  Жарлығының 22-бабында белгіленген Конституциялық Кеңеске жүгінудің нысаны мен мазмұнын қатаң сақтауы тиіс. 

Конституциялық Кеңеске ұсыныс жасаумен және осыған байланысты қылмыстық іс өндірісін тоқтата тұруымен қатар сот осы мезгілде Қазақстан Республикасы Қылмыстық іс жүргізу кодексі  322-бабының талаптарына сәйкес сотталушы қамауда болған жағдайда оған қолданылған бұлтартпау шарасын өзгерту туралы мәселені талқылауға құқықты. 

3. Сот төрелігін жүзеге асыруда судья бейтарап болуымен бірге тараптардың жарыспалылығы мен тең құқылығы принципін қатаң сақтауы тиіс. 

Өзінің өндірісіндегі іс бойынша судьяның, қандай нысанда болмасын, алдын-ала пікір айтуына болмайды. Судья нақты іс бойынша өз пікірін кеңесу бөлмесінде ғана білдіреді. 

1995 жылғы 20-желтоқсандағы Қазақстан Республикасы Президентінің "Қазақстан Республикасындағы соттар және судьялардың мәртебесі туралы" конституциялық заң күші бар  Жарлығының 4-бабымен бекітілген тараптардың жарыспалығы мен тең құқылық принципіне сәйкес, соттар сот мәжілісінде тараптардың тең мүмкіндігін, сондай-ақ тараптардың өз мүдделерін қорғау жөніндегі іс жүргізу белсенділігін қамтамасыз етуі тиіс. 

4. Соттар судьялардың тәуелсіздігі мәселелеріне ерекше назар аударып, олардың қызметіне араласуға жол бермеу жөнінде шаралар қолдануға, судьяларға бақылау жасауға немесе оларға өкілеттіктерінен тыс міндеттер жүктеуге тырысушылықтарға тиым салуға тиіс. 

Соттардың нақты іс бойынша әділ және бейтарап сот төрелігін жүзеге асыруына кедергі келтіру мақсатындағы кез-келген нысандағы іс-әрекеттерді сот қызметіне араласу деп түсінген жөн. Мұндай араласу түрлеріне, атап айтқанда, сот процесіндегі нақты тараптың пайдасына шешім қабылдау туралы әлдебіреулердің сырттан берілген тікелей нұсқауы немесе жанама өтініші, судьяларды белгілі бір шешім қабылдауына мәжбүр ететін жағдайлардың әдейі жасалуы және басқа да осындай іс-әрекеттердің жатуы мүмкін.