ТОО, занимающееся курьерскими услугами, арендовало офис в г. Астане, где находится оборудование для сканирования посылок и писем и было зарегистрировано в НК г. Астаны по месту нахождения налогооблагаемого объекта. Один сотрудник находится в г. Астане, занимается доставкой отправлений и сканированием писем и посылок. Отчетность по налогам (имущественный, загрязнение окружающей среды и налоги по зарплате за одного сотрудника социальный, подоходный, соц. отчисления, пенсионные взносы) предоставляются и оплачиваются в НК г. Астаны. 

Подпунктом 1 пункта 2 статьи 524 Кодекса Республики Казахстан «О налогах и других обязательных платежах в бюджет» (Налоговый кодекс), предусмотрено, что юридические лица, их структурные подразделения обязаны встать на регистрационный учет в налоговых органах по месту нахождения юридического лица, его структурного подразделения; по месту осуществления деятельности; по месту нахождения и (или) регистрации объектов налогообложения и объектов, связанных с налогообложением. 

Исходя из вышеизложенного, в вашем случае возникает обязанность постановки на регистрационный учет в региональных налоговых комитетах, где осуществляется деятельность от имени вашего ТОО.